Hantavirus : quels rats peuvent transmettre le virus ?

En 2020, le pangolin, puis les chauves-souris s’étaient trouvés dans le viseur des scientifiques qui cherchaient à expliquer l’origine de l’épidémie de COVID-19. En 2026, les regards se tournent désormais vers le rat pygmée des rizières à longue queue : c’est cette espèce de petits rongeurs sauvages habitant le sud des Andes du Chili et de l’Argentine qui pourrait avoir transmis l’hantavirus des Andes aux passagers du MV Hondius.

Pour rappel, les hantavirus appartiennent à la famille des Hantaviridae, des virus à ARN présents sur toute la planète, notamment chez les rongeurs sauvages (surtout les campagnols). « À chaque espèce d’hantavirus est associée l’aire géographique de ses rongeurs hôtes », expliquait ainsi dans nos colonnes Anne Lavergne, virologue à l’Institut Pasteur de la Guyane. La contamination se fait principalement par inhalation de poussières et aérosols contaminés par les excreta des rongeurs (urines, déjections, salive).

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Principaux réservoirs de la souche «Andes»

Tous les hantavirus ne présentent pas le même niveau de danger. On distingue les hantavirus de l’Ancien Monde (Europe, Asie, Afrique) de ceux du Nouveau Monde (Amérique). Les premiers provoquent surtout des fièvres hémorragiques à syndrome rénal, dont la mortalité reste relativement faible. Ces formes européennes, qui ne sont pas connues pour se transmettre d’un humain à un autre, sont propagées par certains rongeurs, le campagnol roussâtre ou le mulot à collier. En France par exemple, l’hantavirus Puumala, transmis par le campagnol roussâtre, est le plus fréquent ; il provoque des fièvres hémorragiques à syndrome rénal, le plus souvent bénignes.

À l’inverse, les virus du Nouveau Monde sont transmis par d’autres espèces de rongeurs. Ces derniers sont à l’origine du syndrome cardio-pulmonaire, avec, dans la majorité des cas, des atteintes cardiaques graves. Dans le cas du MV Hondius, les experts supposent que le couple de Néerlandais a pu être contaminé par la souche Andes dans une zone rurale, lors de leur séjour de quatre mois au Chili, en Uruguay puis en Argentine, avant d’embarquer à bord du navire. Cette même souche, endémique en Patagonie argentine (provinces de Chubut, Neuquén, Río Negro), semble être la seule souche connue capable de se transmettre entre les humains, et la létalité peut atteindre 60%. «La transmission interhumaine d’un hantavirus est rare. Elle a été confirmée pour la première fois lors d’une épidémie nosocomiale de syndrome pulmonaire à hantavirus survenue en 1996 dans le sud de l’Argentine et ne semble concerner que l’hantavirus Andes, qui est endémique dans ce pays», indique ainsi l’ANRS sur son site internet.

Les rats pygmées de rizière à longue queue en sont les principaux réservoirs. Selon une étude publiée en 2009 dans le Journal of Virology, 5,9 % des bêtes capturées par les chercheurs étaient porteuses de ce virus. Ces dernières, qui mesurent en moyenne 22 centimètres de long, dont 13 centimètres de queue, sont endémiques de l’Amérique du Sud. Ils vivent dans les montagnes du sud de l’Amérique du Sud. Leur aire de répartition s’étend aujourd’hui du nord du Chili et du nord-est par l’Argentine jusqu’à la Patagonie. Habitant les forêts, les sous-bois et les broussailles, ces petits rongeurs privilégient les habitats humides, à proximité de plans d’eau, et vivent en théorie loin des maisons et des récoltes.

Chaque année, une centaine de cas d’hantavirus des Andes est recensée en Argentine. Entre 2018 et 2019, 11 personnes sont mortes dans le village d’Epuyen, en Patagonie argentine. Dans la «comarca andina», ce corridor de villages dans un paysage andin de lacs et forêts, les habitants ont appris à vivre avec le hanta». Ils aèrent fréquemment garages et hangars et les désinfectent à l’eau de Javel pour se protéger de ce «raton colilargo».